在密闭的体系内，CO2、HCO3－和CO32-的相对含量随pH值的变化而变化，低pH值条件下，CO2占主要部份，在中等pH值范围内，主要为HCO3-，高pH值范围内，主要为CO32-。由于RO膜可以脱除溶解性的离子而不能脱除溶解性的气体，RO产水中的CO2含量与RO进水中CO2的含量基本相同，但是HCO3－和CO32- 常常能够减少1～2个数量级，这样就会打破进水中CO2、HCO3－和CO32- 之间的平衡，在系列反应中，CO2将与H2O结合发生如下反应平衡的转移，直到建立新的平衡。
CO2 + H2O ---HCO3－ + H+
如果进水中含有CO2，则RO膜元件的产水pH值总会降低，对于大多数RO系统反渗透产水的pH值将有1～2个pH值的下降，当进水碱度和HCO3－高时，产水的pH值下降就更大。为数极少的进水，含较少的CO2、HCO3－或CO32-这样看到产水pH值的变化就少。
反渗透出水pH值偏低，加计量泵投加NaOH调节pH至碱性，因为当pH值介于7.5~8之间，反渗透的除盐效果能达到较好水平。
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